У 1985 годзе Лігачоў падтрымаў кандыдатуру Міхаіла Гарбачова на выбарах генэральнага сакратара ЦК КПСС, заявіўшы, што ягонае «вылучэньне выкліча пачуцьце гонару ў нашым народзе, уздыме аўтарытэт Палітбюро ЦК КПСС». Пазьней ён спрыяў пераводу ў Маскву першага сакратара Сьвярдлоўскага абкаму КПСС Барыса Ельцына (потым пра гэта шкадаваў).
У 1985 Лігачоў увайшоў у склад найвышэйшага палітычнага кіраўніцтва СССР — Палітбюро ЦК КПСС. Да 1988 году адказваў за пытаньні ідэалёгіі. Фактычна быў другой асобай у партыі пасьля генэральнага сакратара Міхаіла Гарбачова.
У 1988-м быў адным з аўтараў сакрэтнага ліста, у якім выказваў прапанову «больш якаснага і надзейнага глушэньня радыёстанцый «Свабода», «Свабодная Эўропа» і «Голас Ізраілю».
У 1998—2003 быў дэпутатам Дзяржаўнай думы Расіі.
